和田地区维吾尔医医院是1956年在原和田县维吾尔医门诊部基础上逐渐发展壮大起来的。五十多年来，在国家、自治区、地委、行署及上级卫生部门的正确领导下，医院不断发展, 实现了质的飞跃。医院资产总值由1995年的168万元增加到现在10744.57万元，现已成为一所集医疗、教学、科研、制药为一体的综合性维吾尔医医院。

和田地区维吾尔医医院先后被自治区教育厅、卫生厅指定为全疆维吾尔医临床专科人才进修培训基地、新疆医科大学教学医院、新疆医科大学附属维吾尔医医院、新疆维吾尔医高等专科学校实习基地及附属医院。

作为国家级十大重点民族医医院之一，和田地区维吾尔医医院在围绕"突出维医特色，发挥维药优势，打造维吾尔医药品牌"的办院思路的指引下，采用100％的维医维药手段来治疗疾病，受到广大患者的信赖与好评，得到各级政府、社会各界的认可。最近几年维吾尔药快速发展，带动了地方经济，和田地委、行署将维吾尔医药确定为和田地区的六大支柱产业之一。

目前，医院占地30306平方米，建筑面积32180平方米，业务用房25420平方米；床位编制450张，每床建筑面积56.5㎡。医院现有职工 386人，其中职工中高级职称32人，中级职称37人，初级职称190人。全院的执业医师中，维吾尔医执业医师占了总数的80.6%，真正体现了以维吾尔医为特色。

2012年4月，和田地区维吾尔医医院申报的六个维吾尔医临床专业，顺利通过国家食品药品监督管理局药品认证管理中心的GCP认证（药物临床试验基地资格认定）；2012年9月，国家三级民族医医院检查评审专家组对医院申报创建三级维吾尔医医院工作，进行了多角度、全方位的检查和综合考评。

作为和田维吾尔药业有限责任公司的临床研究基地，和田地区维吾尔医院具有较强的研发实力，每年都会有新药研发出来投入临床治疗。目前，医院研制出13个剂型、146个品种的纯维药，其中已获部颁标准的药品有29个品种并已获专利，这为和田维吾尔药业有限责任公司提供了强大的产品保障。